抗体展示

按照百奥几何的预设，展示一个包含抗体或抗原的蛋白结构。

输入和参数

要提交一个抗体展示作业，请打开项目编辑器并从“Preprocessing”（预处理）下拉菜单中选择“Antibody Visualization”（抗体展示）。

任务的输入包括：

• Structure（结构）：从项目中选择一个包含抗体或抗原的 PDB 或 mmCIF 文件。
• Heavy chain（重链）（可选）：从结构中选择一个重链 ID 进行展示。如果未指定，则不会显示重链。
• Light chain（轻链）（可选）：从结构中选择一个轻链 ID 进行展示。如果未指定，则不会显示轻链。
• Antigen chain（抗原链）（可选）：从结构中选择一个抗原链 ID 进行展示。如果未指定，则不会显示抗原。

任务的参数包括： - CDR def.（CDR 定义）：用于定义 CDR 区域的编号方案。可以是“Kabat”、“IMGT”、“Chothia”或“North”。

链类型识别

GeoBiologics 会自动将结构中的每条链分类为“重链”、“轻链”或“抗原”。如果分类不正确，请联系我们或提交反馈。

任务提交表单：抗体展示

结果

本任务不会在文件与任务面板中生成任务记录。相反，您选中的结构将在提交后立即在Mol*查看器中打开并可视化。

结构组件将被创建并表示如下：

• Polymer（聚合物）：包含结构中所有聚合物的默认组件。默认情况下，它将被隐藏。
• antibody（抗体）：选中的重链和轻链。如果您没有选择重链或轻链，不会创建此组件。该组件存在时，将使用下列表示：
  • 透明度为 0.25 的分子表面 (Molecular Surface)表示，按疏水性着色，青色表示亲水部分，黄色表示疏水部分。
• antigen（抗原）：选中的抗原链。如果您没有选择抗原，不会创建此组件。该组件存在时，将使用下列表示：
  • 透明度为 0.25 的分子表面 (Molecular Surface)表示，按疏水性着色，青色表示亲水部分，黄色表示疏水部分。
  • 紫色的卡通 (Cartoon)表示。
• heavy chain（重链）：选中的重链。如果您没有选择重链，不会创建此组件。该组件存在时，将使用下列表示：
  • 蓝色的卡通 (Cartoon)表示。
• light chain（轻链）：选中的轻链。如果您没有选择轻链，不会创建此组件。该组件存在时，将使用下列表示：
  • 橙色的卡通 (Cartoon)表示。
• HCDR（重链 CDR 区域）：选中的重链 CDR 区域。如果您没有选择重链，不会创建此组件。该组件存在时，将使用下列表示：
  • 浅蓝色的卡通 (Cartoon)表示。
• LCDR（轻链 CDR 区域）：选中的轻链 CDR 区域。如果您没有选择轻链，不会创建此组件。该组件存在时，将使用下列表示：
  • 浅橙色的卡通 (Cartoon)表示。
• epitope（抗原表位）：选中的抗原链表位，包含与选中的抗体距离小于 5Å 的全部抗原残基。抗体和抗原都必须存在才能创建此组件。该组件存在时，将使用下列表示：
  • 紫色的球棒 (Ball & Stick)表示。
• Hparatope（重链抗体互补位）：选中的重链抗体互补位，包含与选中的抗原距离小于 5Å 的全部重链残基。抗体和抗原都必须存在才能创建此组件。该组件存在时，将使用下列表示：
  • 蓝色的卡通 (Cartoon)表示。
• Lparatope（轻链抗体互补位）：选中的轻链抗体互补位，包含与选中的抗原距离小于 5Å 的全部轻链残基。抗体和抗原都必须存在才能创建此组件。该组件存在时，将使用下列表示：
  • 橙色的卡通 (Cartoon)表示。
• interface（抗体与抗原的界面）：选中的抗体与抗原的界面。抗体和抗原都必须存在才能创建此组件。该组件存在时，将使用下列表示：
  • 非共价相互作用 (Non-covalent Interactions)表示，其中氢键用蓝色表示，疏水相互作用用灰色表示，卤素键用青色表示，离子相互作用用黄色表示，金属配位用紫色表示，阳离子-π相互作用用橙色表示，π-π堆积相互作用用青绿色表示，弱氢键用蓝灰色表示。

您可以随意隐藏或展示这些组件，或者更改它们的表示以满足您的需求。

抗体展示结果