使用 Mol*¶

结构查看器¶

位于界面中央的结构查看器是 Mol* 的主要组件，负责显示当前打开的 PDB 文件中分子的 3D 结构。

鼠标控制¶

旋转：点击鼠标左键并移动。或者，使用 Shift 键 + 鼠标左键并拖动以旋转画布。
平移：点击鼠标右键并移动。或者，使用 Ctrl 键 + 鼠标左键并移动。在触摸屏设备上，使用两个手指拖动。
缩放：使用鼠标滚轮。在触摸板/触摸屏设备上，使用两个手指拖动。
居中和缩放：使用鼠标右键单击要聚焦的结构的部分。
裁剪：使用 Shift 键 + 鼠标滚轮来更改裁剪平面。在触摸板上，使用 Shift 键 + 两个手指拖动。
高亮：将鼠标悬停在 3D 画布中显示的 3D 结构的任何部分上（或悬停），而不点击它，将根据当前的选择粒度将其高亮显示（通过将其着色为品红色）。此外，在 3D 画布的右下角，为结构的高亮部分列出了有关 PDB ID、模型编号、实例、链 ID、残基编号和链名称的信息。
聚焦：在默认模式下，单击 3D 对象以聚焦它。聚焦的对象及其周围的对象将以球棍模型显示。所有局部非共价相互作用都会被标出。要隐藏周围的对象，只聚焦目标，请再次单击目标。要取消聚焦，请单击 3D 画布中任何没有原子的点。

按钮菜单¶

此菜单为用户提供了快速访问 3D 画布的一些常用操作。它位于 3D 画布的右侧，具有以下功能。

功能	描述	图标
重置视角	将 3D 画布上的结构居中并重置视角
截屏	对当前视图截屏并提供分辨率和下载选项
显示/隐藏控制面板	隐藏/显示右侧的控制面板
全屏	将 3D 画布和控制面板扩展到完整的浏览器屏幕
设置/控制信息	设置 3D 画布的视图，查看在 3D 画布中鼠标控制的帮助信息
选择模式	在默认模式和选择模式之间切换

选择模式¶

点击按钮菜单中的""按钮即可切换到选择模式。

在选择模式下，单击残基（或 3D 中的任何对象）将选择它。将选择什么取决于选择粒度的值。结构的选定部分将在 3D 画布和序列查看器中以明亮的绿色显示。单击 3D 画布中任何没有原子的点将清空选区。

当您将选择粒度设为“Residue（氨基酸）”时，按住 Shift 键并依次点选起止残基可以沿聚合物序列选择片段。您也可以在序列查看器中按住鼠标、沿序列拖动再释放鼠标以选择多个残基构成的片段。

激活选择模式会在结构查看器的顶部打开一个工具栏。以下是工具栏的示例以及对每个按钮的描述：

功能	描述	图标
（选择和高亮的）选择粒度	控制选择或高亮交互应用的级别（即原子、残基、链等）
选择并集	选择一个集合并将它添加到当前选区中
选择差集	选择一个集合并将它从当前选区中减去
选择交集	选择一个集合并取它和当前选区的交集
重新选择	选择一个集合并设为当前选区
应用主题到选区	允许将颜色、透明度和裁剪的更改应用到当前选区
从当前选区创建组件	允许创建组件并独立于其他组件更改其表示
从所有组件中移除选区	从 3D 画布中移除当前选区
撤消修改选区	在保持选择模式打开的同时撤消某些操作（更改颜色、隐藏组件等）
显示/隐藏帮助	提供有关选择操作、表示操作和鼠标控件的摘要
关闭选择模式	从选择模式切换到默认模式

选择粒度¶

选择粒度决定了选择和高亮的粒度，或者说，每次选择和高亮操作是作用于一个原子、一个氨基酸（默认行为）、一条链、一个实体（entity）、一个模型（model）还是一个结构（structure）。例如，如果选择粒度设为 "Chain"，当鼠标点击 3D 画布中的一个原子时，该原子所在的整条链将会被选中。如果结构中包含对称实例（symmetry instances），且选择粒度以 "instances" 结尾（例如 "chain instances"），操作将会包含选中原子 / 氨基酸 / 链的所有对称实例。

另外，选择粒度还会决定了序列查看器中的选择粒度，以及默认模式下聚焦操作的粒度。

选择粒度可以在选择模式工具栏（位于 3D 画布上方）中修改。

从选区创建组件¶

在选择模式下，我们可以从选区创建新组件。创建组件让用户能对结构的某些部分进行单独操作（详情请看操作组件）。例如，如果您想单独可视化蛋白质和配体，您可以创建一个“配体”组件并隐藏它。然后，您可以单独更改蛋白质的表示，而不必担心配体的干扰。

您可以单击位于结构查看器顶部、选择模式工具栏中的""按钮来创建组件。点击后，您将看到一个对话框，您可以在其中设置如下参数：

Selection（选区）：用于创建组件的选区，默认为当前选区。您也可以使用其他选区，例如所有氨基酸构成的选区（以ALA为例，您可以单击"Amino Acid > Alanine (ALA)"），或者当前选区周围 5 Å 内的所有残基（您可以单击"Manipulate Selection > Surrounding Residues (5Å) of Selection"）。
Representation（表示）：在创建组件的同时为其添加的结构表示。默认为空（无表示）。
Options（选项）：
- Label（标签）：组件的标签。默认为“Label”。
- Check existing（查重）：如果启用，Mol* 将检查是否已存在具有相同内容的组件，以避免您创建重复的组件。默认不开启。

创建组件后，您可以在结构对象面板中找到它并对它进行操作。

案例：从复合物结构中提取抗体链并保存¶

如果您想要提取一个抗体-抗原复合物结构中的抗体链并将其保存到另一个文件中，您可以按照以下步骤操作： 1. 从云端导入或者从本地上传复合物结构文件。在文件与任务管理器面板中点击文件名以打开该文件。 2. 点击结构查看器右侧的""按钮，进入选择模式。 3. 将选择粒度设为"Chain"，然后点击需要保存的抗体链。 4. 点击结构查看器顶部的""按钮，创建一个名为"antibody"的组件。 5. 点击结构对象面板中的"antibody"组件，然后在下拉菜单中点击"Save"，将其保存为项目中的一个 CIF 文件。输入文件名并点击"√"。

![save-ab](/assets/images/save-ab.png){ style="width:250px; margin: 0 auto;" }

现在，在文件与任务管理器面板中将会出现一个新的 CIF 文件。

序列查看器¶

序列查看器显示上传到 Mol* 中的 PDB 结构中存在的大分子（蛋白质和核酸）的聚合物序列。此外，它还提供了快速访问结构中存在的任何小分子配体或实体的方法。它位于 3D 画布上方的屏幕顶部。

序列查看器包含几个下拉菜单，允许用户选择要显示的序列：

结构 (structure)：选择要显示的结构。
模式 (mode)：在链（chain）、聚合物（polymers）和全部（everything）三种显示模式之间选择。在链模式中，每个链都单独显示。在聚合物模式中，所有聚合物都一起显示。在全部模式中，所有实体都一起显示。
实体 (entity, 仅在链模式中出现)：选择要显示的实体。
链 (chain, 仅在链模式中出现)：选择要显示的链。

序列查看器的右上方有四个按钮：

(复制到剪贴板)：将显示的序列复制到剪贴板。目前，仅在显示模式设置为“chain”（链）时才显示此按钮。
(序列自动换行)：将序列换行以适应面板的宽度。如果禁用，序列将显示在一行中。默认启用。
(显示二级结构)：显示序列的二级结构注释。序列中的α-螺旋将以波浪线标出，β-折叠以直下划线标出。默认禁用。
(显示 CDR 注释)：显示序列的 CDR（互补决定区）注释。默认禁用。单击后，将弹出一个菜单供您选择要使用的 CDR 定义。支持的 CDR 定义包括“IMGT”、“Chothia”、“Kabat”和“North”。当您确认后，相应的 CDR 残基将在序列中用下划线标出。

结构对象¶

结构对象是在结构查看器中显示的3D对象。您可以通过位于项目编辑器左下角的结构对象面板来访问它们。结构对象组件包含了当前已打开的文件列表（在文件与任务管理器中具有淡蓝色背景的文件）。每个文件都以树状结构显示。他们具有以下层次结构：

结构的层级划分¶

原始数据：文件的原始数据，通常为 PDB 或 mmCIF。如果文件是从云端导入的，此信息可能缺失。
轨迹：由一组模型构成。它表示结构按时间顺序变化的轨迹，或者表示一系列相关结构的集合。这是结构层级划分的顶层。
模型：轨迹中的一个帧，它包含某些分子的结构信息。您可以通过点击“轨迹 -> 更新分子模型”并选择您想要显示的模型。
结构：一个结构是一系列单元信息的集合。通常情况下，一个单元对应一条链。除了连续的具有相同 entity_id 和相同 auth_asym_id 的“单原子链”，例如水分子。

构建根结构¶

根结构是由一系列组件或子结构构成的层级结构。当您在 mmCIF/PDB 文件中进行适当注释后，您便可以通过多种方式从模型构建根结构。

模型（Model）：仅基于模型中的原子坐标和化学键信息创建结构，不考虑任何更高级的晶体结构排列信息。
组装（Assembly）：基于用户选择的大分子组装方式来创建结构。例如，在晶体结构中，我们通过将对称操作应用于非对称单元来创建晶胞的晶体学组装。
对称（Symmetry）：通过将用户定义的对称操作（包括平移、旋转或镜像操作）应用于非对称单元来创建结构。
对称伴体（Symmetry Mates）：通过在一定半径内找到对称伴体来创建结构。对称伴体是通过对称操作创建的非对称单位的镜像。
对称组装（Symmetry Assembly）：使用定义的对称操作和非对称单元来创建自定义的生物学组装。
自动（Auto，默认行为）：如果没有可用的组装，则创建一个“模型”结构。否则，默认展示第一个组装。

您可以通过点击“根结构 -> 更新结构”并选择所需的结构构建方法来更改构建根结构的方式。

结构表示¶

结构的表示方式确定了结构在结构查看器中的显示方式。以下是几种结构的表示方式：

Cartoon（卡通）：以流畅的方式显示多聚物的迹线原子的带状、块状、管状结构。
Backbone（主链）：以圆柱和球体显示多聚物的主链。
Ball & Stick（球棍）：以球体显示原子，以圆柱显示键。
Carbohydrate（碳水化合物）：以符号（3D SNFG）显示碳水化合物。
Ellipsoid（椭圆体）：显示原子元素的各向异性位移椭圆体，以及以圆柱显示键。
Gaussian Surface（高斯表面）：显示高斯分子表面。
Gaussian Volume（高斯体积）：使用直接体积渲染显示高斯分子密度。
Labels（标签）：为原子、残基和链显示标签。
Lines（线条）：以线条显示键，以点或十字显示原子。
Molecular Surface（分子表面）：显示分子表面。
Orientation（取向）：为多聚物链显示取向椭球体。
Point（点状）：将元素（原子、粗粒球体）显示为点。
Putty（软膏）：以流畅的方式显示多聚物的迹线原子的管状结构。
Spacefill（空间填充）：将原子/粗粒元素显示为球体。
Non-covalent Interactions（非共价相互作用）：将非共价相互作用显示为虚线圆柱体。
Validation Clashes（验证冲突）：将原子之间的冲突显示为圆盘。数据来自 wwPDB 验证报告，通过 RCSB PDB 获取。
Membrane Orientation（膜取向）：使用 ANVIL 算法计算的膜取向。

除表示方式外，还有两个关键参数确定了结构的显示方式：颜色主题决定着色，大小主题决定表示的大小。

默认的结构表示¶

默认的结构表示方式决定了根结构如何被分成组件，以及每个组件的默认显示方式。决定显示方式主要有两个步骤：

确定大小：结构的大小被分为五个类别：小、中、大、巨大和庞大。
- 具有少于 10/5000/30000 残基的结构分别被认为是“小”、“中”和“大”。
- 如果结构的残基数大于 30000，如果它有较高的对称单元数，它将被归类为“巨大”；否则，它将被被归类为“庞大”。
选择表示方式：根据确定的大小，选择适当的表示方式。逻辑如下：
- 小：使用原子细节（AtomicDetail）显示并显示碳水化合物符号。
- 中：如果残基和间隔比大于3，则使用聚合物与配体（PolymerAndLigand）显示。如果小于3，则以与“小”相同的方式显示。
- 大：使用聚合物卡通（PolymerCartoon）显示，其中配体不显示。
- 巨大/庞大：使用粗粒表面（CoarseSurface）显示，这有助于在不过载系统的情况下显示这种大小的结构。

此自动化过程可以根据分子结构的大小和复杂性提供最佳视图，以此来平衡展示的细节和性能。

操作组件¶

以下操作可在组件上执行：

显示/隐藏：通过“/”按钮显示/隐藏组件。
删除：通过“”按钮删除组件。这将取消分组，但结构将保持完整。
更新表示：通过点击“应用操作 -> 更新3D表示”，然后选择所需的表示类型、颜色主题和大小主题更新表示。
修改：通过点击 “应用操作 -> 按选择修改”，然后选择以下操作之一来修改组件的内容：
- 包括：新组件将是当前组件与另一个组件的并集。
- 减去：新组件将是当前组件中除另一个组件中的部分之外的部分。
- 交叉：新组件将是当前组件与另一个组件的交集。
编辑标签：通过点击 “应用操作 -> 编辑标签”，然后在文本框中输入新标签来编辑组件的标签。
保存：通过点击 “应用操作 -> 保存”，然后在文本框中输入所需的文件名来将组件保存为项目中的文件。